ようやくみつけた...
可視セルだけ選択して貼り付けするとどうでしょうか?
[編集]・[ジャンプ]・[セル選択]で「可視セル」にチェックです。
ここ↓で、ほとんど同じことが紹介されています。
http://www.excel-jiten.net/data_entry_edit/jump_select_visible.h...
http://www.excel7.com/chotto22.htm
Excelのワークシート全体をコピー→貼り付けするとき、非表示の… - 人力検索はてな
Excelはドキュメントなひとなのでこういうのがないとつらい...
