故障かなぁとか思いつつなんかぐぐってたら...
それによると、Windows 7 からファイルシステムに "atomic oplock" という排他制御とキャッシュの機能が追加され、デスクトップサーチのインデックスプロセスやシェルである Explorer が使用しているそうです。そして、この oplock のかかったファイルに rename などで上書きしようとした際に、STATUS_FILE_CORRUPT (ファイルが破損した) という間違ったエラーコードが返されるため、そのボリューム(ディスク)のステータスに "dirty"(検査が必要)のフラグが立ってしまい、それによって次回起動したときに CHKDSK が実行されるそうです。
Windows 7で起動時に頻繁にCHKDSKが実行される | ねっと副業奮闘日記
むぅ。